Будівництво мурованого монастиря почалося в XVI ст., коли власниця цих земель Анна Гойська, до заміжжя Козинська, записала в кременецькі земські книги свої великі пожертвування на будівництво Почаївської церкви та одноповерхових келій для ченців. Гойська також подарувала монахам чудотворну ікону Богоматері в 1597 році, яку отримала в дарунок за свої чесноти від грецького митрополита Неофіта. Відповідно до легенди, біля цього образа прозрів сліпий брат Анни Гойської. Згодом монастир розбудував Потоцький.

Головною будівлею лаври є Успенський собор, що був зведений в 1771- 1783 роках за проектом архітектора Готфрида Гофмана. Гофман майстерно використав скелясті тераси, що підіймалися вгору. Їх наростаючий ритм підкреслює ажурний силует собору. В стелях бокових коридорів храму зроблено круглі отвори, через які можна побачити три яруси хорів. До історичного комплексу входять також монастирські келії, споруджені 1713 року, архієрейський будинок 1825 року, надбрамний корпус зведений в 1835 році. Все це було збудовано коли монастир належав монахам Василіянського чину, які організували тут друкарню, видали майже 200 книжок та вели месійну діяльність. В Лаврі є й печерна церква монаха Іова в справжній печері, де зберігаються його мощі.

В 1832 році російський імператор Ніколай І передав українську святиню отців-василіян  Російській Православній Церкві, котрій Лавра належала і в совітський час. Дзвіниця була зведена в 1861 році, а Троїцький собор в 1912 році.

В 2003 ро­ці увесь архітектурний комплекс був переданий урядом, який тоді очолював Янукович, у безкоштовне користування УПЦ Московського патріархату.