Більш правдива версія заснування монастиря звучить так: 20 грудня 1664 року, львівський єпископ Анастасій Желиборський видав ченцям Варлаамові та Феодосієві грамоту на заснування монастиря у Краснопущі (в той час село називалося Красна Пуща). Закладений монастир був на горі, а на початку XVIII століття перенесений під гору, де знаходиться і до нині. Було зведено дерев’яну церкву та келії для монахів. Нову монастирську церкву було побудовано в 1740 році. Вона мала три куполи які були покриті дерев’яним гонтом. Саме в той час ігуменом у Краснопущі був отець Гедеон Буйницький, який  визначив межі монастиря встановивши кам’яні знаки на межах володінь та затвердив їх зверненням до королевича. У 1780 році храм було поставлено на кам’яний фундамент, саму будову церкви оновили та покрили бляхою. Таким храм бачив Іван Франко, що побував тут в той час.

В 1786-1797 роках замість дерев’яного комплексу келій звели кам’яний. А в 1899 році, через необачність одного з монахів, згоріла дерев’яна церква. Згорів і древній іконостас. Нову церкву, Різдва Івана Хрестителя, звели у 1906 році, прибудувавши її до монастирських келій. Іконостас привезли з храму села Деревачі Львівської області, який зробив у 1719 році Гнат Стобенський, що мешкав у Жовкві. З приходом комуністів монастир закрили і розмістили в приміщеннях монастиря будинок для пристарілих. Приміщення храму розділили на два поверхи, на першому поверсі зробили їдальню, на другому клуб, в вівтарній розмістили кухню. Іконостас вдалося врятувати в 1952 році, коли з ініціативи громади села Вербова Бережанського району, його таємно вивезли підводами і змонтували в сільській церкві Успіння Пресвятої Богородиці.

Але монахи не здавалися і не покидали свій монастир. Відомо, що станом на 1 вересня 1945 року, в обителі було семеро ченців. У 1946 році московити відправили в заслання у Сибір ігумена, за небажання переходити в московських патріархат, але він встиг сховати чудотворну ікону Матері Божої. Після цього греко-католицькі громади навколишніх сіл почали служити літургії підпільно. Проводили служіння у селах монахи монастиря, не зважаючи на переслідування комуністів. В 1979 році в монастирських приміщеннях відкрили Бережанський психоневрологічний будинок-інтернат. В 1992 році, після повернення в монастир отців-василіан, почалося відновлення обителі. В 1993 році монастирю повернули церкву та частину приміщень. Повернулася в храм і Краснопущанська чудотворна ікона Матері Божої, яку переховувала та зберігала Марія Лещук. В 2011 році, місцеві жителі розповідали, що в монастирі живе лише один монах.